Sun Mar 27 21:55:23 EDT 2016
/autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional
/usr/local/freesurfer/dev/fsfast/bin/stc.fsl
--i /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/fmcpr.nii.gz --o /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/fmcpr.up.nii.gz --ngroups 1 --up
$Id: stc.fsl,v 1.11 2015/12/10 22:51:31 zkaufman Exp $
transfer
/autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional
mri_info --nslices --o /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/nslices.dat /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/fmcpr.nii.gz
nslices =  30
slicedelay --nslices 30 --up --o /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/sdf.txt --ngroups 1
sdf /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/sdf.txt
nslices 30
order up
ngroups 1
nslicespg 30
[0.48333333333333334, 0.45000000000000001, 0.41666666666666669, 0.38333333333333336, 0.34999999999999998, 0.31666666666666665, 0.28333333333333333, 0.25, 0.21666666666666667, 0.18333333333333332, 0.14999999999999999, 0.11666666666666667, 0.083333333333333329, 0.050000000000000003, 0.016666666666666666, -0.016666666666666666, -0.050000000000000003, -0.083333333333333329, -0.11666666666666667, -0.14999999999999999, -0.18333333333333332, -0.21666666666666667, -0.25, -0.28333333333333333, -0.31666666666666665, -0.34999999999999998, -0.38333333333333336, -0.41666666666666669, -0.45000000000000001, -0.48333333333333334]
sg 1
---------- Slice Delay (fraction of TR) ---------------
0.4833333333333
0.4500000000000
0.4166666666667
0.3833333333333
0.3500000000000
0.3166666666667
0.2833333333333
0.2500000000000
0.2166666666667
0.1833333333333
0.1500000000000
0.1166666666667
0.0833333333333
0.0500000000000
0.0166666666667
-0.0166666666667
-0.0500000000000
-0.0833333333333
-0.1166666666667
-0.1500000000000
-0.1833333333333
-0.2166666666667
-0.2500000000000
-0.2833333333333
-0.3166666666667
-0.3500000000000
-0.3833333333333
-0.4166666666667
-0.4500000000000
-0.4833333333333
-----------------------------------------
/autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional
mri_convert /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/fmcpr.nii.gz /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/in.nii
mri_convert.bin /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/fmcpr.nii.gz /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/in.nii 
$Id: mri_convert.c,v 1.226 2016/02/26 16:15:24 mreuter Exp $
reading from /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/fmcpr.nii.gz...
TR=2000.00, TE=0.00, TI=0.00, flip angle=0.00
i_ras = (-1, -0, 0)
j_ras = (-0, -0.973976, -0.226651)
k_ras = (-2.36491e-18, -0.226651, 0.973976)
writing to /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/in.nii...
/autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional
slicetimer.fsl -i /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/in.nii -o /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/out.nii --tcustom=/autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/sdf.txt
/autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional
mri_convert /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/out.nii /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/fmcpr.up.nii.gz
mri_convert.bin /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/out.nii /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/fmcpr.up.nii.gz 
$Id: mri_convert.c,v 1.226 2016/02/26 16:15:24 mreuter Exp $
reading from /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/tmp.13293/out.nii...
TR=2000.00, TE=0.00, TI=0.00, flip angle=0.00
i_ras = (-1, 0, 0)
j_ras = (0, -0.973976, -0.226651)
k_ras = (-2.36491e-18, -0.226651, 0.973976)
writing to /autofs/cluster/pubftp/data/tutorial_data/fsfast-functional/sess01/bold/001/fmcpr.up.nii.gz...
stc.fsl Done