include ${FSLCONFDIR}/default.mk PROJNAME = avwutils USRINCFLAGS = -I${INC_NEWMAT} -I${INC_PROB} -I${INC_ZLIB} USRLDFLAGS = -L${LIB_NEWMAT} -L${LIB_PROB} -L${LIB_ZLIB} LIBS = -lnewimage -lmiscmaths -lprob -lfslio -lnewmat -lutils -lniftiio -lznz -lm -lz IOLIBS = -lfslio -lniftiio -lznz -lm -lz XFILES = fslorient fslstats fslmerge \ fslpspec fslroi fslnvols fsl2ascii fslascii2img \ fslsplit fslcc fslinterleave \ fslhd fslcpgeom fslcreatehd fslcorrecthd fslmaths \ fslcomplex fslfft fslmeants fslslice fslswapdim_exe fslchfiletype_exe calc_grad_perc_dev fslsmoothfill SCRIPTS = fslval fslchpixdim fslanimate fslsize sliceanimate fslinfo fsledithd avw2fsl fslswapdim fslchfiletype fslreorient2std fslmodhd fsladd FSCRIPTS = fmriborient all: ${XFILES} fslstats: fslstats.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslstats.o ${LIBS} fslfft: fslfft.cc ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o fslfft fslfft.cc ${LIBS} fslmeants: fslmeants.cc ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o fslmeants fslmeants.cc ${LIBS} avwfixfloat: avwfixfloat.cc ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o avwfixfloat avwfixfloat.cc ${LIBS} fslcomplex: fslcomplex.cc ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o fslcomplex fslcomplex.cc ${LIBS} fslswapdim_exe: fslswapdim.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o fslswapdim_exe fslswapdim.o ${LIBS} fslorient: fslorient.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslorient.o ${LIBS} fslslice: fslslice.cc ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o fslslice fslslice.cc ${LIBS} fslpspec: fslpspec.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslpspec.o ${LIBS} #start of matts c++ rewrites fslroi: fslroi.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslroi.o ${LIBS} fslnvols: fslnvols.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslnvols.o ${LIBS} fsl2ascii: fsl2ascii.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fsl2ascii.o ${LIBS} fslascii2img: fslascii2img.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslascii2img.o ${LIBS} fslsplit: fslsplit.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslsplit.o ${LIBS} fslmerge: fslmerge.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslmerge.o ${LIBS} fslcc: fslcc.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslcc.o ${LIBS} fslinterleave: fslinterleave.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslinterleave.o ${LIBS} fslhd: fslhd.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslhd.o ${LIBS} fslcpgeom: fslcpgeom.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslcpgeom.o ${LIBS} fslcorrecthd: fslcorrecthd.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslcorrecthd.o ${LIBS} fslcreatehd: fslcreatehd.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslcreatehd.o ${LIBS} fslmaths: fslmaths.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslmaths.o ${LIBS} fsldecorr4d: fsldecorr4d.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fsldecorr4d.o ${LIBS} fslchfiletype_exe: fslchfiletype.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o fslchfiletype_exe fslchfiletype.o ${LIBS} calc_grad_perc_dev: calc_grad_perc_dev.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o calc_grad_perc_dev calc_grad_perc_dev.o ${LIBS} fslsmoothfill: fslsmoothfill.o ${CXX} ${CXXFLAGS} ${LDFLAGS} -o $@ fslsmoothfill.o ${LIBS}