• FsTutorial
• MultiModalDtiIndividual_tktools

Back to Multimodal Top

cd $TUTORIAL/mmtutorial/dti

tkregister2 --mov lowb.nii --reg register.dat --surf

mri_vol2vol --mov fa.nii \
  --reg register.dat \
  --fstarg --interp nearest \
  --o fa.anat.mgh

mri_vol2vol --mov adc.nii \
  --reg register.dat \
  --fstarg --interp nearest \
  --o adc.anat.mgh

mri_segstats \
  --seg $SUBJECTS_DIR/$subject/mri/aseg.mgz \
  --ctab $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt \
  --nonempty --excludeid 0 \
  --i fa.anat.mgh --sum fa.stats